В связи с интенсивным ростом основного корня у некоторых растений возникает необходимость регулировать его длину, это способствует развитию корня.

В толщину и появлению многочисленных боковых корней, образующих плотную корневую систему.

Для этого отрезаем дно у сосуда, в который было посажено семя (если мы и далее будем пользоваться этим приемом, то весьма пригодятся пластиковые бутылки, упаковочные картонные коробки или любой другой контейнер, который не жалко выбросить), и заменяем его гибкой пластиковой сеткой, выдерживающей вес почвы в контейнере и одновременно пропускающей свет.

Затем мы подвешиваем и надежно закрепляем сосуд и начинаем проводить соответствующие поливы земли, проверяя, появляются ли на поверхности небольшие многочисленные корешки, прекращающие свой рост, как только выйдут на свет.

Большое число деревьев в стиле бонсай дают плоды, с семенами, покрытыми скорлупой, дополнительной защитой, обладающей высокой прочностью. В большинстве случаев ее снимают, чтобы семенам было легче прорастать.

Так происходит с семенами у хвойных видов карликовых деревьев, таких, как сосна (Pinus sp.), можжевельник (Juniperus sp.) и т. п., у плодовых карликовых деревьев, таких, как абрикосовое дерево (Primus armeniаса), миндальное дерево (Prunus amygdalus) и еще у многих и многих деревьев.

Таким образом, для ускорения прорастания семян следует снимать с них скорлупу. При наиболее сложных случаях можно воспользоваться щипцами для колки орехов или же лезвием ножа, когда сопротивление семени скорлупе не столь сильно.

Однако всегда надо стараться не повредить семя и избежать неправильного роста растения на начальном этапе его развития, а также не допустить грибковых инфекций, существующих в зоне выращивания.