Чтобы растение и его окружающая среда оставались здоровыми, следует тщательно придерживаться определенных правил в каждом конкретном случае.

Борьбу с болезнями следует начать с идеального ухода за садовым инвентарем, особенно режущим, способствующим наиболее широкому распространению всевозможных инфекций, в первую очередь грибкового происхождения. Поэтому всегда промывайте с водой и мылом инвентарь после обрезки растений в зараженных зонах. После применения очищайте их от растительных соков, земли или воды, которые могут носить следы инфекции. Протирайте их лезвия ваткой, смоченной в спирте, до полного высыхания перед тем, как убрать на окончательное хранение.

Сосуды, в которых размещается грунт, также должны быть вымыты горячей водой с мылом, с помощью щетки очищены от остатков земли и корней.

Если на растении имеются признаки какой-либо болезни или на почве видны следы личинок или спор, распылите дезинфицирующее средство для их полного уничтожения.

Растения при обрезке подвергаются нападению грибковых микроорганизмов и бактерий, так как в это время они ослаблены, и обнажившиеся части на коре растения открывают путь для прямой атаки. Чтобы избежать этого, места обрезки должны обрабатываться специальным садовым варом для лучшего рубцевания ран. Во избежание распространения заболевания ни в коем случае нельзя проводить обрезку растения, если оно больно или ослаблено.

Большинство болезней вызывается грибком, например мучнистая роса, ржавчина и т. п., но бактерии и вирусы также представляют потенциальную угрозу для крошечных растений.

Следует иметь в виду, что не в каждом изменении внешнего вида бонсай нужно винить инфекцию, поскольку неправильный уход за растением может вызвать дефекты в его развитии.